7月20日,我校动物遗传育种研究所收到国际知名期刊《PLoS ONE》,由我校李学伟教授和李明洲博士领导的课题组与美国休斯顿大学、LC Sciences公司、重庆市畜牧科学院和中国科技大学的科研人员研究撰写的论文《MicroRNAome of Porcine Pre- and Postnatal Development》在此期刊上发表,期刊的影响因子为4.351。论文首次全面系统地阐述了猪从出生前到出生后整个发育阶段的microRNA组(MicroRNAome)图谱。李学伟教授为此论文的通讯作者,李明洲博士为第一作者。
据悉,为广泛深入地发掘猪microRNAome图谱,该项研究收集了从胚胎到成年共计10个发育阶段的样品,覆盖了猪发育的全部代表性时期,采用Solexa深度测序技术分别对10份样品进行miRNA序列的深度测定,总共获取了超过93.6M的序列读数。课题组使用自行开发设计的分析软件ACGT101-miR对测序数据进行了深度发掘。通过与哺乳动物成熟体miRNA序列,前体发夹序列(pre-miRNA),首次发布的猪基因组序列(Sscrofa9,April 2009),以及EST序列的精细比对分析,课题组对猪microRNAome数据库进行了大幅更新,pre-miRNA序列增至867条,编码的成熟体miRNA序列增至1004条,其中特异miRNA序列达到777条。研究人员选择了测序得到的30条miRNA,采用实时荧光定量PCR(qPCR)对猪的47个不同类型的组织样品进行检测,定量结果与测序结果一致。科研人员对测序得到的猪microRNAome进行了详尽的生物信息学分析,提供了有关miRNA的末端序列变异、miRNA前体结构、染色体定位、特定发育阶段的miRNA表达及miRNA保守性等详细信息。
此项研究受到国家转基因生物新品种培育科技重大专项和国家自然科学基金的资助,是迄今对猪microRNAome图谱进行的最全面最详实的探索(包括miRNA和其异构体),归纳整理了大量猪miRNA的特征。专家称,此项研究成果的发表将大大促进猪生物学的发展,也将促进以猪作为模式动物进行人生物学和生物医学的研究。