2008年，都江堰分校（即现都江堰校区）在 "5•12" 地震中遭受重创。面对灾难，分校5000余名师生在奋力自救的同时，无私接纳并有序组织涌入校园的3万余名当地受灾群众，成为都江堰市最大的受灾群众安置点，时任国务院副总理的李克强来分校慰问受灾群众，针对都江堰分校为政府分忧、为社会出力。积极有效安置受灾群众、开展抗震救灾工作给予高度评价。在抗震救灾、恢复重建的过程中，在学校党委的坚强领导和科学指挥下，分校领导班子敢于担当，带领教职工同舟共济、连续奋战，他们顽强抗灾、舍已为人的精神传承和发扬了“川农大精神"，创造了震后45天原址复课的奇迹。
　　

　　''5•12" 地震让都江堰分校损失巨大。震后统计，地震共造成5978平方米教学辅助用房（学生宿舍）、350平方米生活用房、280平方米文体活动场馆、2476平方米行政办公用房、17989.8平方米教职工住宅成为危房。

　　

　　学校领导邓良基、郑有良、朱庆率相关部门负责人代表学校来分校查看灾情，部署救灾工作，并带来了物资和学校的关怀。

　　履行社会责任，安置受灾群众。不到300亩的校园最多容纳了5000多师生和3.5万受灾群众，成为都江堰市最早最大的一个灾民安置点。

　　地震发生后不久，离校园仅200米的新建小学教学楼坍塌，闻讯赶来的师生用双手在废墟重救出十多名小学生，3名小学生经过医治得以生还。图为被救孩子的家长送来感谢信。

　　

　　2008年5月20日上午，中共中央政治局常委、国务院副总理、国务院抗震救灾总指挥部副指挥长李克强来到都江堰市，察看了都江堰市最大的受灾群众安置点——四川衣业大学都江堰分校，详细询问了分校师生和安置点受灾群众的状况。

　　2008年5月19日下午，时任省委书记、省人大常委会主任、省"5.12" 抗震救灾指挥部总指挥刘奇葆来到都江堰分校灾民安置点查看受灾和安置情况。刘奇葆走进帐莲中与分校职工代启军、受灾市民马寿昌等受灾群众亲切交谈，询问分校师生的受灾情况。

　　2008年6月2日，时任省教育厅厅长涂文涛，副厅长王康一行到四川农大都江堰分校察看受灾情况，慰问受灾教职工，他希望学校动员一切力量开展抗灾自救工作，积极争取外部支援，尽快让学生们返校学习，恢复学校教学秩序。
　　

　　2008年5月底，学校积极协助援建单位抓紧过渡板房建设，10天的时间建成板房400余间，3天时间将学生需用的所有床位安装好。新建了26间教职工公用板房和厨卫房，铺设了长达7万余米的板房电线，恢复了教学用房水电。带病上岗、通宵加班，经过教职工们长时间不辞辛苦的工作，分校2004级毕业生在6月底顺利毕业，2005级学生7月复课。

　　
　　6月25日分校08届毕业生在学校度过的最后一个夜晚。大家围在彩条布上，借着待拆的行政楼上微红的灯光，心情沉重话别离。

　　2008年8月15日，分校重建了400余米围墙、400余间板房的水泥地基、修复东区食堂，重新调整、安装和维修了800余间学生宿舍的设施，对新学期投入使用的10个实验室的设备进行了搬迁。

　　2008年9月1日早上7: 40, 分校教学楼前，学生们或拿着课本、或背着书包匆匆赶往教室上课。经过“5•12”，经过长达3个多月的假期，都江堰分校终于迎来了新学期的顺利开学。
　　

　　5•12地震后，都江堰校区职工住房受损严重。为了加快职工住房重建，校区重建根据都江堰市政府 35号文文件精神，制定教职工重建住房方案。随后校区正式启动教职工住房原址重建工作，开展地勘和设计，并对设计方案予以公示广泛征集意见，以公开和坦诚赢得了教职工的支持。
　　
　　2009年11月21日，都江堰校区西区家属园内喜气洋洋，校区教职工期待已久的灾后重建重点项目——职工住房原址重建工程顺利开工。这是都江堰市灾后重建以“单位”为建制启动的第一个原址重建项目。项目建设共计14873.92平方米，住房176套。
　　

　　
　　2012年2月，学校与都江堰市政府签订《国有土地使用权置换协议》，用位于都江堰市区原四川农业大学小麦研究所的土地置换毗邻校区原外北街及红庙巷地块和分隔校区的南北向市政道路——柳岸路校区段，置入地缘接近、使用集中的4宗地块，实现了学校在都江堰市内土地资源的整合，这是学校发展中的“一件大事”。通过此次置换，校区将原来的市政道路柳岸路变成了校内道路，使原来的东西2个区域有机连成了一个整体，既保证了学生安全由方便了学校管理。
　　
　　置换土地完成后，由于置换地块临街由政府安排的灾民修建铺面，因此采用了一种特殊的灾后重建方式----“代建”。这一模式是都江堰灾后重建中的一种特殊重建模式。
　　
　　通过置入土地，外北街新建了可以容纳近1000学生的学生宿舍，红庙巷一期新建了86套住宅，二期的高层次人才公寓也将于2019年竣工投入使用，将为学校引进高层次人才创造条件。

　　2012年初，按照学校“一校三区”的总体布局，结合过渡期使用和远景规划开展校园总体规划。校区先后启动教职工公租房、防震减灾实验室、二教扩建、游泳池、体育馆、研究生公寓、高层次人才公寓、活动中心等的立项及建设。如今，校区硬件设施完善，教学住宿环境温馨舒适，文化氛围浓厚，一座处处闻鸟鸣，季季有花香，步步有胜景，依山傍水，得天独厚的美丽学府已然呈现在世人面前！