美洲狼尾草一类的小米(millets)是抗非生物胁迫能力强、营养丰富的禾本科优质牧草及粗粮。它可保证生活在极端气候条件地区人们的粮食安全,并为其它作物提供与耐非生物胁迫有关的遗传资源。由于小米一类的重要性日益显著,联合国宣布今年为2023国际小米年。随着组学技术的快速发展,相关数据量日益激增,但对于大部分科研工作者来讲,利用数据快速挖掘基因仍是挑战。目前尚未有一个全面、系统的小米一类多组学数据分析平台,严重阻碍了重要候选基因的挖掘和分子育种进程。
为此,四川农业大学草业科技学院牧草育种团队开发了一个免费、易操作、数据全面,功能多样、以狼尾草为主的多组学数据库平台(Milletdb)。Milletdb包含millets一类7个属的基因组和1800份不同的组学数据,包括图形泛基因组学、基因组、转录组学、表观基因组学、变异组学和表型组学等数据。Milletdb还集成了20种实用工具,可以帮助用户从多角度(同源搜索、序列blast、性状)快速识别单个基因,从多个层面构建调控网络,并表征基因集,可实现快速查找候选基因及其相关信息。8月3日,论文正式发表在学术期刊《植物生物技术》(Plant Biotechnology Journal)上。
美洲狼尾草 四川农业大学草业科技学院供图
Milletdb是迄今为止最全面的小米一类以及狼尾草多组学数据库,也是我国首个以牧草为主的多组学数据库。它包含并可视化了大量的多组学数据,使得用户可以从对单个基因的研究扩展到遗传网络的水平。Milletdb界面友好、双语,并提供所有工具的操作手册,可有效助推狼尾草类的基因功能研究和分子育种进程。