发现了未知，揭开水稻基因变异的秘密。该论文撰写过程中，选取了具有高度代表性的33个水稻材料，采用最新的第三代基因测序技术，对其中31份材料进行了长片段测序、高质量基因组组装及基因注释。共鉴定到171072个结构性变异和22549个基因拷贝数变异，其中绝大多数基因组变异均未在先前研究中发现，但在重要农艺性状调控中发挥重要作用。揭示这些结构性变异的方向，对理解水稻的进化和驯化遗传基础有重要意义。

打破了传统，首次构建水稻图形基因组。论文撰写过程中，结合鉴定到的大量结构性变异，首次构建了水稻图形基因组，是水稻中迄今最为完整的基于图形结构的泛基因组。同时，还搭建了网站RiceRC.com，便于使用基因组序列和查询遗传变异等内容，促进水稻功能基因组学和育种应用研究，并为水稻及其他作物基因组研究、种质资源的精准鉴定、优良基因的挖掘、基因功能解析、分子设计育种等研究奠定了基础。