氮素是驱动植物生长的核心营养元素，然而，全球玉米氮肥利用率长期低于30%，约70%施入土壤的氮肥因未被高效吸收而流失，造成巨大经济损失与环境污染。尽管科学界已明确植物氮同化的核心催化单元，但该通路在叶绿体内部的亚细胞组织方式及其对氮素利用效率的调控机制长期未获破解。
2026年6月3日，四川农业大学黄永财研究团队联合中国科学院分子植物科学卓越创新中心巫永睿研究团队在Nature发表题为“Plastoglobules Compartmentalize Nitrogen Assimilation in Maize”的研究论文。该研究对亚细胞内微小区域进行蛋白质组定量分析，精准挖掘到氮高效优异基因，为关键代谢酶的区室化改造提供了理论依据，也为作物分子设计精准育种开辟了新的路径。
质体小球的对氮动态响应特性
玉米叶肉细胞叶绿体中的质体小球（PGs）表现出对氮的动态响应特性，其数量随氮供应水平升高而显著增加，且该现象并不线性依赖于氮素驱动的叶绿体增大。玉米是典型的C4作物，叶片具有独特的花环结构：外围紧密排列的叶肉细胞环绕着内部的束鞘细胞，这种双层细胞排列是C4高效光合作用的关键结构基础。两类细胞均含叶绿体，电镜成像均能观察到PGs，但束鞘细胞叶绿体PGs并未表现出类似特性。事实上，PGs对干旱、高温、高光等逆境条件的动态响应已有报道，这在一定程度上揭示了脂质代谢在植物逆境胁迫中的支撑作用，而该研究首次报道了植株营养生长状态下，PGs作为“代谢枢纽”参与植物初级氮营养代谢的新功能。
PGs的分离及氮代谢关键因子鉴定
为解析PGs响应氮素的分子基础，研究者优化并建立了适用于玉米的PGs分离纯化流程。为进一步聚焦叶肉细胞PGs，研究者采用功率梯度进行细胞分离。由于叶肉细胞排布较为松散，低功率下即可在不破坏束鞘细胞的情况下获得大量纯净的叶肉细胞叶绿体，随后通过超速蔗糖梯度离心分离PGs与类囊体，最终获得高纯度的叶肉细胞PGs。在此基础上，研究者利用高精度质谱仪结合DIA技术对PGs进行蛋白质组鉴定与分析，该方法可高效测定复杂样品中相对低丰度的蛋白。在鉴定到的蛋白中，除已知的纤维蛋白、脂质代谢及抗氧化物合成相关蛋白外，首次发现两个关键氮同化酶——ZmNIR2与ZmGLN1，这是植物将无机氮转化为有机氮的关键代谢酶。
图1.玉米叶肉细胞PGs的分离和纯化
PGs定位的氮同化酶：功能不可替代性
玉米中共有2个ZmNIRs和6个ZmGLNs，亚细胞定位结果显示，仅ZmNIR2与ZmGLN1完全定位于PGs。对8个基因的单突变体材料进行表型鉴定发现，nir2突变体矮小细弱、叶片黄化，gln1突变体则表现为株高降低与营养生长迟缓，而其他基因突变后未表现出明显的生长缺陷。氮梯度测试结果进一步显示，nir2和gln1突变体的氮素敏感度降低，即使在氮素供给充足的条件下，仍表现出较低的氮素利用效率。上述结果表明，PGs定位的氮同化酶在植株氮素营养生长中表现出功能不可替代性。
氮同化酶的PGs锚定与代谢体组装
研究者接下来对ZmNIR2与ZmGLN1的蛋白靶向机制进行了细致解析。多区域截断荧光实验表明，ZmNIR2与ZmGLN1首先各自通过N端叶绿体转运肽导入叶绿体，ZmNIR2通过6个疏水区域（>10aa）进行PGs锚定，ZmGLN1通过2个连续疏水区域进行锚定。研究者还利用冷冻电镜首次解析了质体定位的GLN高分辨率结构，发现ZmGLN1是由两个五元环面对面堆叠组装而成的十聚体。然而，ZmNIR2与ZmGLN1的功能行使与其PGs定位之间存在怎样的关系？为解答这一问题，研究者证实了ZmNIR2和ZmGLN1之间存在弱相互作用，二者可形成天然代谢体（metabolon）。这种作用形式不仅可以提升反应底物的局部浓度，还能加快反应中间产物的递送。而PGs恰恰提供了这样一个反应平台，用于上下游代谢酶的固定。
图2. ZmNIR2和ZmGLN1的定位机制及结构解析
育种中被忽视的维度：蛋白空间定位的遗传调控
值得关注的是，ZmNIR2基因存在可变剪接，产生ZmNIR2T1与ZmNIR2T2两种转录本。NAM材料结果证实，ZmNIR2T2因缺失N端139个氨基酸而丧失叶绿体导入能力，而ZmNIR2T1比例越高的材料，其PGs数量越多。研究者进一步扩大至111份自交系，转录组测序显示不同材料间并非“有或无”的差异，而是呈现连续变化的模式。这类“比例型”转录本变异在天然群体中较为常见，既能维持基因功能的基本输出，又可在特定环境或遗传背景下微调蛋白表达。
研究者还对44份野生大刍草进行了转录组测序，令人惊喜的是，所有大刍草中ZmNIR2T1比例介于72%–99%。从进化与育种角度看，不同生态区或栽培体系对氮利用效率、氮供应条件及生长策略的选择压力各异，从而在群体中调控转录本比例。过量表达ZmNIR2T1可显著提升PGs数量与体积，进而提高氮肥利用效率。该工作揭示了一个作物育种中长期被忽视的问题：基因的功能不仅取决于表达水平，更取决于蛋白产物的最终空间定位，唯有将蛋白精准“投送”到正确的位置，才能使该基因对性状的贡献发挥最大价值。
综上所述，该研究提升了大众对于质体小球的功能认知，在已有的脂质代谢功能基础上，重塑了其作为植物初级氮同化的枢纽功能。ZmNIR2与ZmGLN1借助PGs反应平台形成天然代谢体（metabolon），展现出高效的酶促反应模式，进而提升氮同化效率。同时，ZmNIR2可变剪接所驱动的功能分化，为理解基因表达调控与代谢区室化之间的关联提供了一个清晰的遗传范例。该发现不仅从亚细胞层面深化解码了作物氮素高效利用的机理，也为通过分子设计调控亚细胞代谢区室、培育高氮效作物提供了可直接应用的基因资源与育种策略。
图3.玉米区室化调控氮同化效率的模式图
鉴于该研究的重要科学意义与应用前景，Nature同期邀请中国农业大学杨淑华教授及其团队施怡婷教授共同撰写题为“Tiny hubs of metabolic activity optimize nitrogen use in maize”的专题亮点评述文章。评述指出，当前农业生产面临着提高生产力与降低环境影响的双重挑战，该研究提供了一个强有力的新视角。传统观点多从基因表达或蛋白质活性层面解读功能变异，而本项研究揭示了第三个关键维度—亚细胞定位。这表明，未来作物改良的路径不仅在于设计更高效的酶，更在于通过改造酶所处的细胞内微环境，实现代谢效能的优化。
四川农业大学西南作物基因资源发掘与利用国家重点实验室陈迪副教授、高卢卢特聘研究员和研究生李书君为本论文的共同第一作者。四川农业大学国家重点实验室黄永财教授和中国科学院分子植物科学卓越创新中心巫永睿研究员为共同通讯作者，四川农业大学为论文的第一完成单位。四川农业大学国家重点实验室陈学伟教授，青年研究员李文皓，东北农业大学曾兴副研究员，上海师范大学王文琴教授，中科院遗传与发育生物学贺岩研究员也参与了该研究。中科院分子植物科学卓越创新中心张余研究员，武霄仙研究员，博士生程奕秋，王海海研究员对该研究做出了重要贡献。本工作得到了国家自然科学基金、四川省自然科学基金、中国科学院战略性先导科技专项、四川农业大学国家重点实验室作物科学基础研究特区和青年科学家项目、开放课题以及四川农业大学人才引进项目等资助。
论文链接：https://www.nature.com/articles/s41586-026-10610-8
