党的十六大召开以来，农学院全体师生员工认真学习和贯彻党的十六大精神，全面落实教育部“面向21世纪教育振兴行动计划”，抓住“十五”“211工程”建设和本科教学评估工作的历史机遇，奋发图强，趁势而上，学院建设发展取得可喜成绩。
　　“十五”“211工程”建设成效显著。通过“十五”“211工程”建设，学院学科队伍规模有明显增长，学术队伍学历、学位、年龄、知识及学缘结构明显改善，学科群整体水平得到进一步提高；学科群体追踪国际研究前沿，加强基础和应用基础研究，应用现代生物技术改造传统学科，提升了研究水平，科学研究整体实力有显著提高；发掘了一批西南特异作物基因资源和种质新材料，在作物近缘种质利用、作物转基因工程育种、作物种质资源创新、作物主要经济性状数量遗传和分子遗传规律、抗病和品质基因克隆及功能表达等方面的研究取得重大进展；育成了一大批水稻、玉米、小麦、油菜、大麦、大豆等高产、优质、抗病突破性新品种，在四川和西南地区推广应用，创造了巨大的社会经济效益；形成了作物优质、高效和无公害栽培与调节技术体系以及区域农业持续高效发展模式，提出了耕地质量监测及合理高效利用途径；加大经费投入，极大地改善了实验和试验条件；人才培养质量得到显著提高，“西南区作物科学与技术”重点学科子项目建设的整体目标已全面实现。近年来，学院新增省重点学科1个，新增博士授权专业6个、硕士授权专业8个；在校研究生711人，其中博士研究生128人，硕士研究生583人；博士后4人，其中出站1人，在站3人。
　　师资队伍建设进一步加强。通过院系调整，学院现设作物栽培与耕作学、特用植物生产学、植物遗传育种学、植物生理学、植物病理学、农业昆虫与农药学、生物技术、生态农业与区域发展等8个系，1个教学实验站，5个研究开发机构。学校小麦研究所、玉米研究所和水稻研究所的教学和学科建设由学院统一管理。近年来学院高度重视并采取切实措施进一步加强师资队伍建设，已形成了一支学历、学位、年龄、知识及学缘结构更趋合理的学术队伍。学院现有在职教职工83人。专兼职教师131人，其中具有高级职称人员71人(正高39人，副高32人)，博士生导师22人，硕士生导师63人；45人具有博士学位，49人具有硕士学位。有中国工程院院士2人，国家杰出高级专家3人，国家有突出贡献中青年专家4人，四川省学术技术带头人16人，全国百篇优秀博士论文获得者3人；教育部创新团队1个。“西南作物特异基因资源发掘与利用”入选教育部首批“长江学者和创新团队发展计划”。
　　教育教学改革取得突破性进展。党的十六大召开以来，我院进一步深入贯彻落实教育部“巩固、深化、提高、发展”的方针，牢固确立本科教学工作中心地位，发扬“重品德、厚基础、强实践、求创新”的办学传统，坚持融传授知识、培养能力、提高素质于一体，注重能力培养，着力提高学生的学习能力、实践能力和创新能力，培养心系“三农”，思想品德优良，基础理论扎实，具有创新精神和实践能力的高素质复合型人才。以“人才培养为根本，教育质量为核心，教改创新为动力，教学基本建设为重点，制度建设为保障”，教育教学管理和人才培养质量不断迈上新的台阶。
　　学院按照“面向现代化、面向世界、面向未来”的要求，先后对各专业的教学计划进行编制与修订，明确了各专业的培养目标与培养模式，形成了规范、科学的人才培养方案。2003年以来共获省级以上教学成果奖15项，国家级二等奖2项，省级一等奖3项、二等奖2项，校级特等奖1项、一等奖1项、二等奖5项；公开发表教改论文39篇。学院大力加强实验室与实践教学基地建设，努力开拓实践教学新途径、完善实践教学体系，注重培养学生创新精神、实践能力和综合素质。在校本科生先后获“挑战杯”大学生课外科技活动国家二等奖、三等奖及四川省一等奖、二等奖、三等奖各1项。近五年来，已有30篇本科生参与科研论文公开发表，其中在核心期刊13篇，一级学报8篇；一些研究成果已成为农业生产中推广应用的关键技术，对农业生产的发展发挥了重要作用。
　　科技创新和社会服务能力进一步增强。学院大力推进科技创新工作，近年来，共承担国家和省部级科研项目350项，到校总经费4,934.3万元。其中，国际合作项目5项，经费103.2万元；国家级项目87项，经费2,786.3万元；省级项目258项，经费2,044.8万元。获省部级以上奖励19项，其中国家科技进步二等奖1项，“全国农牧渔业丰收计划”一等奖1项，四川省科技进步一等奖3项、二等奖8项、三等奖6项。鉴定成果18项，其中国家级鉴定成果1项。选育通过省级以上农作物新品种审定品种77个，其中小麦品种11个（同时通过国审和省审品种4个），大麦品种1个，玉米品种15个（同时通过国审和省审品种3个），水稻品种46个（同时通过国审和省审品种15个），大豆品种2个，油菜品种1个，棉花品种1个。获植物新品种保护公告的新材料29个，获国家植物新品种保护权的作物新品种16个，获国家发明专利3项、实用型专利3项。这些成果大多转化为现实生产力，为社会经济的发展作出了突出贡献。发表论文1000余篇，其中SCI收录44篇，EI收录7篇，核心期刊近700篇，国际会议7篇；出版教材25本、专著7部。
　　目前学院在研项目上百项，涉及植物生物技术，农作物遗传规律及新品种选育，作物优质高效标准化生产技术，植物病虫害无公害防治，农药配方及制剂，中药材GAP，农业结构调整及区域规划，野生植物资源保护与利用，植物有效成分及医药中间提取技术等领域。
　　党的建设和毕业生就业工作成绩突出。五年来，学院党总支结合学院实际着力加强党的建设和思想政治工作，为学院的建设发展提供了坚强有力的保障。2004年12月，学校召开了第八次党代会，学院党总支组织全院师生党员认真学习会议精神，以实际行动为学院的改革和发展出力。2005年7月，学院认真组织开展了保持共产党员先进性教育活动，并积极探索建立长效机制。学院先后被评为“四好班子”、“优秀基层党组织”等荣誉称号。与此同时，学院在毕业生就业方面也取得突出成绩。近年来，毕业研究生371人，其中博士生55人，硕士生316人；学院已累计培养各级各类建设人才3000多人，普通本专科毕业生受到社会的重视和欢迎。在全国毕业生就业形势日趋严峻的情况下，学院毕业生就业率逐年上升，一次性就业率保持在92%以上。