党的十六大以来，水稻所在学校党委和行政及上级各有关部门的领导、关心和支持下，全所教职工以奋发有为，开拓进取，求实创新的精神状态，积极开展科学研究和人才培养等各项工作，取得了丰硕的成绩，促进了水稻所事业的蓬勃发展。
　　一、育成了一大批突破性的重穗型杂交稻新品种
　　2002年至2006年，水稻所根据西南地区的特殊生态及对育种的要求，多学科、多层次结合，在水稻优质高产多抗新品种选育、新品种良种繁育技术以及新品种产业化等方面均取得了显著进展。5年来育成了35个通过国家或省级审定的品种，其中通过国家审定的品种17个。这些品种在我国乃至东南亚国家的农业生产上正在发挥重要作用。其中，冈优527是1985年汕优63作对照以来四川中籼迟熟组区试中率先突破8%增产幅度的标志性组合；而协优527比对照汕优63增9.59%，是我省以汕优63作对照以来增产幅度最大的组合；合作育成的川江优3号在全国区试增产9.96%，是我国杂交中稻区试增产幅度最高的组合，且稻米品质达国标3级。D优527和金优527先后被评为四川“稻香杯”优质米。D优527、协优527被农业部评为超级杂交稻，列入全国重点推广新品种。
　　二、新材料创制成果显著，为新品种培育奠定了雄厚的材料基础
　　五年来，通过常规技术和生物技术相结合的方法，共育成了一系列优质高配合力的不育系和优质恢复系。特别是育成了优质、高配合力突破性的恢复系蜀恢527：该恢复系经农业部稻米及制品质量监督检验测试中心检测全部指标达国标三级优米。用该恢复系配组出36个组合通过省级以上审定，其中15个组合通过全国审定，被遴选为国家超级稻的组合5个；比汕优63增产8%以上，达国标三级米的4个（宜香527、准两优527、B优827和川江优3号）。蜀恢527系列组合已累计推广1亿多亩。经国内同行专家鉴定：成果总体水平达到国际同类研究先进水平，在产量配合力育种方面居国际领先水平。近年来，采用分子标记辅助育种育成的抗白叶枯病（Xa21/Xa4）蜀恢527已通过技术鉴定。
　　通过改革育种技术和方法，育成了高配合力优良杂交水稻恢复系蜀恢162，该恢复系的选育与应用分别于2004和2003年获国家科技进步二等奖和四川省科技进步一等奖。
　　三、水稻育种技术不断创新，为新品种培育奠定了坚实技术基础
　　1、亚种间重穗型杂交稻育种理论：在杂种优势利用方面，继“籼亚种内品种间杂交培育雄性不育系选育冈.D型杂交稻”获得国家发明一等奖后，在周开达院士的带领下，根据西南地区“寡日、高湿和低温差”的生态特点，利用籼粳中间型亲本、形态指数和籼粳特异分子标记检测等，提出了以提高单穗重为特色的亚种间重穗型超级杂交稻选育的技术路线。在该理论的指导下，育成了系列超级杂交稻新组合，平均单穗重比汕优63提高了1-2克。
　　2、水稻轮回群体改良：利用单基因无花粉隐性核不育成功建立了水稻籼粳交轮回选择群体，利用该技术平台选育出亚种间重穗型恢复系“蜀恢498和蜀恢518”，所配组合在四川和重庆区试中比对照“II优838”增产9%以上。
　　3、分子标记辅助育种：发掘和定位了一批有重要育种价值的新基因包括与抗性相关的抗稻瘟病基因Pi-d(t)1和Pi-d(t)2、抗纹枯病基因Wk；与稻米品质相关的云南软米基因、水稻香味基因和小粒优质基因lk-4；与生育期相关的迟熟隐性基因lf-3(t)和早熟显性基因Ef-cd(t)；与杂种优势利用相关的无花粉型隐性核不育基因和早代稳定基因egf；与水稻分蘖相关的寡分蘖基因ft1和多蘖基因。建立了高效分子标记辅助选择聚合育种体系，已将抗病基因[Pi-d(t)、Pi-d(t)2]、抗白叶枯病基因(Xa4、Xa21)和优质基因分别导入不育系和恢复系，育成了D84A、D11A、D香200A等新不育系，用其组配的D香优系列杂交稻在米质主要指标上超过泰国米，且产量与当前推广杂交稻增产，为实施超泰米杂交稻改良计划提供了材料基础；还育成了抗白叶枯病（Xa4+Xa21）的恢复系527BR、725BR、881BR、838BR，抗稻瘟病的不育系新汕A、金谷A、新IIA等。
　　研究成果《水稻分子遗传图谱的构建，重要基因的分子标记定位及应用研究》获2004年度四川省科技进步一等奖。
　　4、转基因育种：克隆了一批有自主知识产权的新基因。通过染色体步行克隆了抗稻瘟病基因Pi-d(t)2，来源于苏云菌杆菌的抗虫基因Bt-3。通过基因工程研究，已建立了水稻高效遗传转化体系，转基因抗虫、抗病、抗除草剂水稻、高赖氨酸玉米、抗逆水稻等均取得重要成果，形成了规模化转基因技术平台，获得了一大批优质、高产、高抗的转基因水稻新材料和新品系。

　　四、水稻高产机理，高产配套集约化栽培技术的研究取得了突破性进展
　　“重穗型杂交稻超高产育种”是我国“超级稻”育种的重要发展方向和技术路线之一。重穗型杂交稻的高产机理及其稀植优化生产技术的研究与应用系统地揭示并探明了重穗型杂交稻高产机理和理想株叶型指标，对我国水稻高产栽培和育种具有重要的实践指导意义和理论价值。这项研究创造性地提出了重穗型杂交稻稀植优化栽培的技术路线和技术关键，解决了重穗型杂交稻稀植优化栽培的育秧、密度和施肥三大技术难点。其中稀植优化栽培技术尤其适应四川及类似生态区一熟制和两熟制稻田的重穗型杂交稻，能充分发挥重穗型杂交稻的高产潜力，实现良种良法的配套及合理密植向合理稀植的转变。　利用该优化生产技术的稻田每亩可增产稻谷30-120公斤，省种30%-50%，省工3-6个，增收节支80-150元。该项研究于2006年获四川省科技进步一等奖。
十六大以来，水稻所不仅取得了丰硕的成绩，还承担着国家和省部级的重大科研项目，包括自然科学基金、“八六三”、948、留学基金、生物技术攻关、跨越计划、支撑计划、成果转化基金、国家水稻育种攻关等国家级项目和省级项目多项。这些研究都取得了突破性的进展，获得了5项发明专利，在国内外重要刊物上发表研究性论文500余篇。同时还培养了一大批优秀的博士研究生和硕士研究生，为农业科学研究提供了优秀的人才。